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孝霊天皇の時代、武諸隅命が川上谷の生嶋に大山祇命・上津綿津見命・表筒男命を奉って三嶋神社としたとされる。あるいは、『丹後舊事記』によると、垂仁天皇の時代に河上摩須が勧請したと風土記にあるという。なお、丹後国風土記自体は散逸しており現存しない。 延喜式神名帳の熊野郡、式内小社三島田神社に比定される。