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1879年（明治12年）に行政区画として発足した当時の郡域は、日高郡新ひだか町の一部（三石各町）にあたる。 江戸時代に入ると、日高国で最初とされる松前藩の商場知行制および場所請負制によるミツイシ場所が現在の三石市街地区に開かれている。陸上交通は、渡島国の箱館から道東や千島国方面に至る道（国道235号の前身）が通じていた。