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抗酸菌（こうさんきん、英: Acid-fast bacillus）は、実験室における特定の染色工程において、塩酸酸性アルコールで脱色されない細菌の総称。狭義ではマイコバクテリウム属を指す。 塩酸酸性アルコールで脱色をしようとしても、この菌は色素を保持するという抵抗性を示すことから、この名が付けられた。