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晩年は家督を嫡男喜左衛門利之に譲って、隠居・出家し、宗源入道と称するとともに、万治2年（1659年）には石井一族の由緒・勲功を後世に伝えんと『石井同苗中戦功其外御奉公之次第五拾壱ヶ條』（石井一門御奉公次第書）として書き遺した。 また、嫡男喜左衛門利之が定吉に先立ち死去（万治元年）し、最晩年は孫の孫左衛門尚政の家督を後見した。