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農業・生物系特定産業技術研究機構に改組。 経済産業省所管 情報処理振興事業協会 - 2004年（平成16年）1月5日に独立行政法人情報処理推進機構に改組。 産業基盤整備基金 - 2004年（平成16年）7月1日に中小企業総合事業団及び地域振興整備公団の一部と統合し、独立行政法人中小企業基盤整備機構に改組。