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境内やその周辺は縄文時代以来人類が生活していた場所で、「瀬戸神社旧境内地内遺跡」と呼ばれている。1987年（昭和62年）以来の幾度かの発掘調査で、縄文海進期の波蝕台や縄文土器（縄文早期）、古墳時代の土師器や貝塚、室町時代から江戸時代にいたる貝塚や陶磁器、遺構などが発掘されている。