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近親交配を繰り返した場合、劣性遺伝のため発現していない、生存に不利な遺伝子が顕在化しやすく、遺伝性疾患が発生しやすくなる(近交退化、または雑種強勢の対語的に近親弱勢)。また、遺伝的多様性の低下原因となり、伝染性の病気などへの耐性が低くなる。