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ン酸ヌクレオチドになる場合もある。モリブドプテリンを含む酵素にはキサンチンオキシダーゼ、DMSOレダクターゼ、亜硫酸オキシダーゼ、硝酸レダクターゼ等がある。 モリブドプテリンを用いないモリブデン含有酵素はニトロゲナーゼのみである。この酵素はモリブドプテリンとはかなり異なる鉄硫黄中心の一部としてモリブデンを含む。