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文化9年（1812年）、福井藩医の半井南江の子として生まれる。大坂で中川修亭らにまなび、天保11年（1840年）に家督を継ぎ、御匙医師に任じられる。安政元年（1854年）12月28日、仲庵と改名。藩主松平慶永の信頼があつく、越前での西洋医学の基礎をつくった。