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『華頂要略』等の記録によると、比叡山三塔のうちの西塔に所在した「本覚院」が妙法院の起源とされている。しかし、妙法院と本覚院の関係は必ずしも明確でなく、本覚院から分かれて妙法院が成立したとする説、逆に妙法院から本覚院が分かれたとする説、妙法院は本覚院の別号だとする説などがある。また、妙法院が比叡山から洛中に移転した時期、綾小路小