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川淇園の家塾に入門し、『元衍』の著述に専念、陰陽五行説に基づく旧態医学を批判する。皆川塾では柴野栗山らと交友し、頼春水から歴史を学ぶ。浦上玉堂や木村蒹葭堂ら著名な文人とも親しく交わった。 天明3年（1783年）には京都伏見で人体解剖を行う。この年には妻帯する。子息の元瑞を幼少の頃より、大坂の友人である篠崎三島に入門させている。