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1年（天正19年）に江戸麹町に移転した。 1621年（元和7年）安藤重信が当院に葬られて以降安藤家の菩提寺となり、1639年（寛永16年）に浄土宗に転宗した。「栖岸院」は重信の戒名に由来する。他にも丹南藩主家の高木家や旗本諸家の香華寺となっていた。 江戸時代、当寺の住職は将軍に単独拝謁できる格式が認められていた。