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して洋学などを織り交ぜた「大学校」の設置（明治2年7月8日（新暦8月15日））へと構想を修正した。これにより両学所の実質は東京へ移されることになり、皇漢両学を教授する大学校の「本校」には皇学所の出身者が採用された。そして同年9月2日（新暦10月6日）に皇学所・漢学所の廃止命令が出され、8日後には皇学所・漢学所ともに廃止されたのである。