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硫黄細菌（いおうさいきん）とは、硫黄および硫化物を酸化する細菌の総称。 チオバクテリウム、チオバチルス、チオスピラ、ベッギアトアなどが主な属である。 化学合成硫黄細菌が硫化水素を酸化する反応式は H₂S＋1/2O₂＝H₂O＋S＋176kJ ベッギアトア属などはこのとき発生するエネルギーで炭酸同化すなわち化学合成を行う。