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下生田原（後の安国駅）間の開通に合わせて上生田原駅（かみいくたはらえき）として開業した。まもなく1916年（大正5年）11月7日に762ミリメートル軌間の軽便鉄道から1,067ミリメートル軌間に改軌され、1932年（昭和7年）10月1日に石北本線の駅となり、その後1946年（昭和21年）3月1日に生田原駅に改称された。