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白山を開いた泰澄大師が開山し、薬草が多いことから唐の育王山にちなんで育王仙と名付けたのが始めとされる。 722年（養老6年） - 当時の元正天皇が大病にかかり、泰澄大師がこの山の薬草を献上したところ快癒された。帝は大いに喜ばれ、泰澄に神融法師の称号を賜わり、山には医王山と命名されたという。薬草が多く、薬師如来（大医王仏）が祭られたことが山名の由来とする説もある。