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特定の遺伝子領域をPCR法により増幅して得られた増幅産物を試料DNAとして 検出操作を実施する場合が多いことから、PCR-SSCP法と呼ばれる場合もある。 試料DNAは二本鎖DNAが乖離して、それぞれのDNA鎖が高次構造を形成することから、電気泳動法では2種類の産物が別々に検出される。