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ウチワフグ科は形態情報からは長らくフグ科やハリセンボン科に近縁とされ、フグ亜目の最も原始的なグループと考えられていたが、近年の分子系統学的研究においては、本種はフグ亜目の魚よりもむしろハコフグ科やイトマキフグ科の種に近縁であることが示されている。ただし本種のフグ