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胞子虫綱多殻目クドア科とする。クドアの名は微胞子虫や粘液胞子虫の研究で知られるリチャード・クドウへの献名である。 もともとKudoa属は、4つ極嚢を持つChloromyxum属のうち、胞子形態や寄生部位の違いをもとに独立させられたものである。すなわちChloromyxumの胞子