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別当寺（べっとうじ）とは、専ら神仏習合が行われていた江戸時代以前に、神社を管理するために置かれた寺のこと。神前読経など神社の祭祀を仏式で行い、その主催者を別当（社僧の長のこと）と呼んだことから、別当の居る寺を別当寺と称した。神宮寺（じんぐうじ）、神護寺（じんごじ）、宮寺（ぐうじ、みやでら）なども同義。