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特別捜査本部」（略して「特捜本部」）、警察本部と所轄警察署が共同で設置する「部長指揮の捜査本部」、所轄警察署のみで組織される「署長指揮の捜査本部」の3種類に分けられる。また、これとは別に、事件が複数の都道府県をまたぐ場合、指揮を一元化する「合同捜査本部」と一元化しない「共同捜査本部」という捜査範囲による分類がある。