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クマムシの分類には生殖器官の形態が重要であり、異クマムシ綱では肛門前方の生殖孔を通じて生殖輸管が外に開いているのが特徴である。これに対して真クマムシ綱では生殖輸管は直腸に繋がっている（もう1つの中クマムシ綱は、1種のみからなるが、その模式標本が地震で破壊されてしまったため、生殖器官については詳しく調べられていない）。