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天明6年（1786年）6月、彰考館総裁に進み、以後に享和3年（1803年）に致仕するまで『大日本史』の編纂に力を注ぎ、寛政11年（1799年）には『大日本史』の紀伝浄写本80巻を、『大日本史』編纂の遺命を残した2代藩主・徳川光圀の廟に献じた。この間、混乱の生じていた彰考館の蔵書を整理、欠本となっていたものを補写する