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代謝拮抗剤（たいしゃきっこうざい、英: antimetabolite）は、代謝の過程で生成する代謝物質の利用を阻害する物質である。このような物質は、葉酸の利用を阻害する抗葉酸剤のように、しばしば代謝物質と構造が類似している。代謝拮抗剤の存在は、細胞成長や細胞分裂を妨げ、細胞にとって有毒であるため、癌の化学療法に用いられる。