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脊索（せきさく）は全ての脊索動物で見られる柔軟な棒状体である。これは中胚葉由来の細胞から構成され、胚の初期の軸を規定する。かつて原索動物と言われた群では成体までこれを維持する例がある。下等な脊椎動物では一生にわたって体の主軸を支えるが、高等な脊椎動物では脊椎と置き替わる。