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速にマッピングするために開発されたエピトープ・マッピング戦略であるハイスループット突然変異誘発法（英語版）である。突然変異誘発法では、エピトープをマッピングするために、個々の残基にランダム/部位特異的な指向の変異を加える。B細胞エピトープマッピングは、抗体療法、ペプチドベースのワクチン、および免疫診断ツールの開発に利用できる。