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プロファージ（英: prophage）とは、細菌の環状染色体（英語版）に挿入されて組み込まれるか、または染色体外のプラスミドとして存在する、バクテリオファージ（細菌に感染するウイルス）のゲノムである。プロファージは潜在型のバクテリオファージであり、ウイルスの遺伝子は細菌細胞を破壊することなく細菌内に