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日本先天異常学会（にほんせんてんいじょうがっかい、英文名 The Japanese Teratology Society）は、先天異常についての研究の進展と、その知識の普及を図る目的で1961年に創設された学会。 事務局を京都府京都市両替町2-348-302アカデミック・スクエア（株）内に置いている。