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温や日照、潮流、海底地形、栄養塩濃度、酸素濃度等の海洋環境の影響を受けて、水域毎に海洋生態系を構成する（海洋環境に適応した）生物が異なる。 なお、サンゴ礁を形成する造礁性サンゴは、光合成を行う褐虫藻と共生することにより、暖水かつ低栄養塩の海洋環境に適応した生物であり、そのような海洋環境の海洋生態系の基礎生産を支える重要な生物である。