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を一元的に指揮・統括している組織である。航空総隊司令官が指揮を執っており、防衛大臣から直接、指揮監督を受ける。 航空総隊司令部は横田飛行場に所在する（在日米軍と同居）。有事の際は戦闘機部隊、高射部隊および各地のレーダーサイトなどとリンクしたシステムによって航空総隊司令官が部隊の指揮を執る。司令官・副司令官は空将である。