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地東方の比叡尾山城を本拠とする国人・三吉氏の当主。三吉隆亮の長男。通称は新兵衛。官位は安房守。 元亀4年（1573年）、父とともに毛利輝元との盟約の起誓文を交換した。 天正16年（1588年）に父の跡目を継いだ。 天正19年（1591年)、後見人である叔父の粟屋隆信を謀殺。同年、居城を比叡尾山城から比熊山城に移した。