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この流域一帯は古琵琶湖層群などの「ズニン」、「ズニンコ」、「ヌリ」と呼ばれる粘土層が厚く広がり、そこを通る河川は大水でなくとも年中泥交じりで極薄く濁っている。ただ、甲賀市甲南町西部の杣川支流杉谷川の上流域は、花崗岩主の岩石地帯を貫けるので清らかな流れが見られる。一方、新名神高速道路による流域の自然への影響が心配される。