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北設楽郡東納庫村を前身とする。 1878年に現在の東納庫、西納庫域に当たる清水村、川口村、貝津田村、湯谷村、久原村、松本村、寺脇村、神子谷下村、市ノ瀬村、社脇村、万場村、猪之沢村、大久保村、大桑村、大平村、宇連村が合併し、納庫村となる。 1885年、納庫村が東納庫村と西納庫村に分立する。