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「大分郡志」によれば、神功皇后が三韓征伐からの帰途、西寒多山（現 本宮山）に臨幸し、その証として山頂に白旗を立てたという。当地の人々はこれを崇敬して籬垣を結んで拝んでいた。その後、応神天皇9年4月、武内宿禰が本宮山上に祠を建てたのが創祀であるという。 この伝承から、当社は本宮山を神体山として成立したと見られている。