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常陸国筑波郡上平柳村（現在の茨城県つくばみらい市の一部）の小貝川のほとりに、農民の子として誕生。戦国時代に後北条氏に仕えた宇多源氏佐々木氏分流間宮氏の篠箇城主の間宮康俊の子孫で間宮清右衛門系統の末裔。 当時幕府は利根川東遷事業を行っており、林蔵の生まれた近くで堰（関東三大堰のひとつ、岡堰）の普請を行っていた。