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TBなど）などにより菌の存在を確認する（DNA-PCRでは死菌でも検出するため確定診断とはならない）。 抗酸菌培養では非結核性抗酸菌との鑑別のためナイアシン試験が行われる 局在病変については、それぞれの臓器にあわせた画像診断・組織診断を施行する。リンパ節、腸、脾臓、骨（いわゆるカリエス）などの感染症もみられる。