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2007年現在、ダブルバルーン内視鏡やカプセル内視鏡により小腸結核も診断できるようになった。なお、他の多くの細菌性腸炎と異なり、腸結核では必ずしも大便から結核菌が検出されるとは限らない。 腸管出血性大腸菌や赤痢菌などの他の細菌による大腸炎、アメーバ赤痢、クローン病、潰瘍性大腸炎、虚血性大腸炎、薬剤性腸炎、大腸癌など。