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2002年（平成14年）1月1日：日本貨物鉄道の駅が廃止され、貨物の取扱が終了。 2011年（平成23年）4月1日：終日無人化。 2016年（平成28年） 9月23日：駅舎建て替え着工。 9月28日：仮駅舎での営業開始。 11月29日：新駅舎の使用開始。 2018年（平成30年）5月12日：男鹿駅の業務委託化に伴い、土崎駅に管理駅が変更となる。