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本末制度（ほんまつせいど）は、江戸時代、江戸幕府が仏教教団を統制するために設けた制度である。 各宗派の寺院を重層的な本山・末寺の関係に置くことで、その宗派に対する統制をはかった制度である。そのため、無本寺寺院をゼロにして、寺院相互の本末関係を固定化してしまう必要があった。